Com a denominação de Forte São Tiago, o monumento foi erguido em paliçada de madeira em 1532, época em que foi ponto de partida para a esquadra de Martim Afonso fundar a Vila de São Vicente, em 22 de janeiro do mesmo ano. Construída em ponto estratégico para defesa de ataques de índios, piratas e inimigos às vilas de São Vicente, Santos e São Paulo de Piratininga, foi dessa mesma fortaleza que a esquadra de Estácio de Sá partiu para fundar a cidade do Rio de Janeiro, em 1565.A primeira grande reforma no monumento aconteceu em 1547 após o ataque vitorioso dos Tupinambás que incendiaram o forte e destruíram o povoado da então Buriquioca (Morada dos Macacos) como era chamada Bertioga em tupi-guarani Em 1699, a fortaleza ganhava as características atuais sendo rebatizada como Forte São João, em 1765, devido à restauração da capela erguida em louvor ao santo. Tombado pelo Iphan em 1940, abrigou as instalações do Exército até 1945. A última ocupação militar foi como quartel de pelotões de vigilância do 4º e 6º Batalhões de Caçadores, defendendo a região da ameaça alemã durante a 2ª Guerra Mundial. Depois, chegou a alojar o destacamento da então Força Pública, a atual Polícia Militar do Estado. Em 1966, o Iphan retomou o processo de restauração do monumento que foi definitivamente reaberto ao público em 2001.
